Outro fator apontado por ele para ter saído da seleção que posteriormente iria à Copa de 2002 foi a péssima relação que tinha com Vanderlei Luxemburgo, que o treinou no Corinthians, em 2001, quando entraram em atrito e desde então nunca mais se resolveram. Na época, um problema envolvendo o meia Ricardinho expôs a relação conturbada entre o camisa 7 e o treinador e culminou na saída de Marcelinho do clube.
"O Ricardo não é o que falavam, o 'leva e traz'. Eu falei demais na época. Uma situação que era interna, falei para um cara, que levou para o Nelson Rubens e ele falou na televisão. O Ricardo é sensacional, merece respeito. Ele não fez sacanagem nem trairagem. O Vanderlei fez aquilo. Ele quis denegrir minha imagem, tentou me f... de verde e amarelo", relembrou o ex-meia. "Aí tirei o Ricardo do foco. Falei que a parada era entre eu e ele (Luxemburgo). Fui pra cima dele, falei que em 1998 eu peguei a mulher que ele queria, cheguei fora do horário no hotel", confessou.
A rixa entre os dois se prolongou por mais alguns anos e, em 2007, eles chegaram a ter um bate-boca público, em um programa de televisão, quando Marcelinho atuava como comentarista da Rede Tv. Luxa o insultou ao vivo e chegou até mesmo a dizer que o ex-camisa 7 havia sido flagrado com mulheres na concentração entre 1998 e 2002, quando trabalharam juntos no Corinthians.
Marcelinho, então, entrou com um processo na justiça contra seu ex-técnico e, em 2009, Luxemburgo foi obrigado em primeira instância a pagar cerca de R$ 75 mil ao jogador. Neste ano, as farpas voltaram, quando o treinador foi demitido do Flamengo, em fevereiro. Pelas redes sociais, o corintiano alfinetou seu desafeto.
"Todos estão errados e o Luxa o único certo. Quando a briga é com 1 só a gente não acredita, com 2 a gente duvida e com vários?", criticou.
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SONHO DE PASTOR DEIXOU MEIA 'MUDO' DURANTE FINAL DO BRASILEIRÃO
Marcelinho revelou uma curiosa história de sua passagem pelo Corinthians. Pouco antes da primeira partida da final do Brasileiro de 1999, contra o Atlético-MG, um pastor próximo a ele revelou que tinha sonhado com a expulsão do meia no jogo, e pediu que o jogador ficasse 'mudo' em campo. Marcelinho 'obedeceu' e o time sentiu falta da vibração do camisa 7. No vestiário, Vampeta, líder do grupo, tentou conversar e descobrir o que estava acontecendo. O Pé-De-Anjo revelou apenas no jantar após a partida o sonho que o pastor tinha tido e que o assustou.